Fernando Flores es profesor titular de Derecho Constitucional y actual director del Instituto de Derechos Humanos, de la Universitat de València.

Diplomado en Derecho constitucional, Ciencia política y Relaciones internaciones por el Centro de Estudios Constitucionales de España. Diplomado en Altos Estudios de la Defensa, por el Centro Superior de Estudios de la Defensa Nacional (CESEDEN).

En la Administración Pública ha ocupado los cargos de Director General de Relaciones Institucionales del Ministerio de Defensa, Secretario General Técnico del Ministerio de la Presidencia, y Director de Gabinete del Secretario de Estado del Ministerio de Justicia, todos ellos del Gobierno de España. Ha trabajado como Director General de Análisis y Políticas Públicas de la Presidencia de la Generalitat Valenciana.
Responsable de diversos informes y consultorías para temas relacionados con la Administración de Justicia, sistemas electorales y partidos políticos y pluralismo jurídico (justicia comunitaria), en República Dominicana, Honduras, Ecuador, Colombia y México. Responsable de la dirección sobre el terreno del programa de la Unión Europea para el Fortalecimiento de la Justicia en Ecuador (2000 – 2003), con el Instituto de Derecho Público de la Universidad Carlos III de Madrid.

En el ámbito universitario dirige su interés docente en investigador por los sistemas de protección de derechos fundamentales; la Administración de Justicia; la democracia participativa y representativa, los partidos políticos y los sistemas electorales. Es autor de varios libros y artículos académicos sobre estos temas.